V Slovenskom raji je bohato vyvinutý podzemný kras a nachádza sa v ňom už 436 jaskýň. Zo 69 doteraz preskúmaných jaskýň na území parku je verejnosti prístupná len Dobšinská ľadová jaskyňa. Na túto jaskyňu nadväzuje Stratenská jaskyňa, ktorá je však verejnosti neprístupná.
Ďalšími známejšími jaskyňami sú:
Národná prírodná pamiatka Dobšinská ľadová jaskyňa, zaradená do UNESCA, sa nachádza v Slovenskom raji v obci Dobšinská ľadová Jaskyňa. Charakterom zaľadnenia patrí medzi najvýznamnejšie ľadové jaskyne na svete, zároveň je najnižšie položenou ľadovou jaskyňou v rámci Karpát. Prehliadka trvá cca 30 min. Jaskyňa je sprístupnená od 15.mája do 30.septembra od 9:00 do 18:00 ( pondelky zatvorené). Vstupy: jún-august: každú hodinu od 9:00 do 16:00, 15.-31.máj: o 9:30, 11:00, 12:30, 14:00, september: 9:30, 11:00, 12:30, 14:00. Vstupné: dospelí 7€, študenti 6€, deti 3,5€, foto/video 10€.
V tesnej blízkosti štátnej hranice s Maďarskom sa nachádza jaskyňa Domica, ktorá tvorí jednotný genetický celok s maďarskou jaskyňou Baradla. Okrem typických štítov, bubnov a kaskádovitých jazierok je pre návštevníkov jaskyne atraktívna plavba na podzemnej riečke Styx, ktorá je súčasťou prehliadky jaskyne. Jaskyňa je sprístupnená od 2.januára do 31.decembra s mimosezónnou technickou prestávkou, ktorá trvá maximálne mesiac. Vstupy: od 9:00 do 18:30. Vstupné: krátky okruh(45 min): dospelí 6€, deti 3€, študenti 5€, foto/video: 7€ ; dlhý okruh s plavbou (60min): dospelí 7€, deti 3,5€, študenti 6€, foto/video 7€
Je vo svetovom meradle unikátnym výtvorom, ktorý svojou rôznorodosťou, bohatosťou a krásou aragonitovej výzdoby upúta každého svojho návštevníka. Nachádza sa na severnom úbočí vrchu Hrádok v Slovenskom Rudohorí na ceste medzi Štítnikom a Jelšavou, 26 km od Rožňavy. Je jediná svojho druhu v Európe, vyniká aragonitovou výzdobou rôznych foriem. Jaskzňa je sprístupnená od 1.apríla do 31.októbra. Prehliadka trvá 30 min. Vstupy: od 9:00 do 18:00. Vstupné: dospelí 6€, deti 3€, študenti 5€, foto/video 10€
Medzi nemenej zaujímavé patria taktiež Krásnohorská jaskyňa, Demänovská ľadová jaskyňa či Gombasecká Jaskyňa.